MMYSystem，将使徒肢解。真嗣知道第四适格者是冬二，大怒要破坏NERV，后因被提高LCL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。

　　——三天后，失去左脚的冬二恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。十四使徒来袭，直接攻进GEO-FRONT。贰号机的双臂和头被刺飞，丽驾驶零号机抱着N2爆雷自杀式攻击无效，脸被切成两半。使徒将NERV本部基本摧毁，入侵主轴往中央教条区前进发令所。真嗣回来驾驶初号机把使徒推出本部，初号机活动极限，使徒反击，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S2机关据为己有。真嗣与初号机同步率400%，完全融于LCL中，隔日救援真嗣行动展开，事后二十七日救回真嗣。不久，源渡将亚当植入右手。

　　——三日后，加持将内藏第二次冲击的秘密胶囊交给美里。

　　2016年

　　……1月

　　——下旬，冬月在地下都市西区第八区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。谍报部认为加持是事件主谋者，美里受到侦讯。

　　……2月

　　——上旬，第十五使徒来袭，后来零号机以朗基努斯之枪消灭目标。

　　——中旬，十六使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽，丽的遗体在插入栓中发现，律子命秘密处理，真嗣发现丽毫发无伤，这其实已经是第三个丽了。

　　——几天后，美里解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。同时，律子破坏DUMMYSystem。

　　——下旬，明日香失踪。七日后，被谍报部二课寻回。

　　——第五适格者渚薰抵达NERV，真嗣对薰产生好感。同日，同步测试中，薰可以和未改写核心的贰号机同步，令众人惊讶。翌日，美理知道薰能自由设定与EVA的同步率。途中薰同化贰号机，展开超强大AT力场，形成结界，掩盖所有探测。丽亦展开同等力量的AT力场，中和结界。

　　——最后使徒————熏，直接闯进中央教条区，并将最后防卫线，天国之门开启，初号机捕获使徒，但渚薰自愿被初号机杀害。

　　……3月

　　——上旬，某日上午5时59分，美里终于知道第2次冲击的秘密。

　　——律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。

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